İmmüno-onkoloji alanında (araştırmacıların kanserle savaşmak için kanser hastasının kendi bağışıklık sisteminden yararlanmaya çalıştıkları), bir hastanın yanıt verip vermeyeceğini tahmin edebilecek potansiyel tanısal biyobelirteçleri, potansiyel terapötik hedefleri ve biyobelirteçleri belirleme ihtiyacı vardır. bir immünoterapiye.
Daha yüksek verimli genetik analiz araçlarının sürekli gelişimi, genomik, transkriptomik ve gen ekspresyon profilleme alanındaki araştırmaları hızlandırdı ve bu araçlar artık biyomarker keşfi için ilgili moleküler yolların tanımlanmasını ve araştırılmasını kolaylaştırarak immüno-onkoloji araştırmalarında bir etki yaratıyor. Her kanser farklıdır ve etkili, toksik olmayan immünoterapilerin geliştirilmesini sağlayacak yeni gen imzalarının belirlenmesi için karşılanmamış bir ihtiyaç vardır [1]. Hem bağışıklık yanıtı hem de tümör biyolojisi son derece karmaşıktır ve biyobelirteç keşfi ve doğrulaması için gerekli olan çoklu genetik analiz teknolojilerinin kullanılmasını sağlar.
İmmüno-onkolojide genetik analiz için hangi teknolojiler kullanılır?
Mikro diziler ve yeni nesil dizileme (NGS), yeni RNA ve DNA tabanlı biyobelirteçleri tanımlamak için yararlı araçlardır. NGS, ters transkripsiyon kantitatif PCR (RT-qPCR) ile de etkili bir şekilde değerlendirilebilen bir uygulama olan gen ekspresyonunu incelemek için kullanılabilir. Sanger dizileme, araştırma topluluğunda dizi tabanlı biyobelirteçler için tutarlı bir şekilde kullanılmaktadır.
NGS, bilimsel bilgimizi ilerleten ve araştırma fırsatlarını, sadece 10 yıl önce bile hayal edebileceğimizden daha hızlı açan, yıkıcı bir teknoloji olduğunu kanıtladı. Tüm genom NGS, gelişmiş keşif ve insan sağlığına yardımcı olurken, genomun bazı bölgelerini bu yaklaşımı kullanarak analiz etmek zordur, bu da sıralama önyargısına neden olur. Buna karşılık, hedeflenen bir NGS yaklaşımı, belirli genetik dizileri zenginleştirmek için moleküler biyoloji yöntemlerini kullanır ve araştırmacıların çalışmalarını bireysel genlere veya genomik bölgelere odaklamalarına olanak tanır. Bozulmuş DNA veya RNA içeren numuneler gibi zor numune türlerinden bölgeler veya kandan dolaşımdaki hücresiz nükleik asitler (cfNA) dahil olmak üzere, zorlayıcı genomik bölgelerin dizi kapsamını elde etmek artık mümkün. Yalnızca ihtiyaç duyulanları sıralayarak, maliyet avantajları, daha verimli hesaplamalı işlem ve bilişimin ötesine geçer: Belirli ilgi alanlarına odaklanmak, araştırmacıların nadir varyant keşfi için çok daha yüksek bir kapsam derinliğinde sıralama yapmasına olanak tanır. Tek bir dizileme çalışmasında çok daha fazla örnek eşzamanlı olarak işlenebilir ve bu da bireysel ve kohort örneklerden daha hızlı sonuç alma süresi sunar.
Oncomine TCR beta-SR Tahliller , T hücre reseptörünün tamamlayıcılığı belirleyen bir bölge 3 (CDR3) RNA ya da DNA kullanılarak (TCR) beta zinciri okumak için dizayn hedeflenen NGS çözeltiler sağlamdır. CDR3 bölgesi, her T hücresi klonu için benzersizdir ve TCR beta zincirinin antijen tanımaya dahil olan kısmını kodlar. Düşük örnek girişi ve kapsamlı bir analiz paketi ile bu kısa okuma testi, FFPE ve periferik kan örneklerinden doğru T hücresi repertuar analizine olanak tanır. Tahliller, klonal genişlemeyi doğru bir şekilde tanımlayabilir ve ölçebilir, ayrıca bağışıklık durumunu karakterize edebilir.
Daha uzun dizileme okuma yetenekleri için Oncomine TCR Beta-LR TestiKestirimci veya prognostik biyobelirteç keşfi, T hücresi karakterizasyonu ve değişken gen polimorfizmlerinin tanımlanmasını sağlamak için TCR beta zincirinin (CDR1, CDR2, CDR3) üç tamamlayıcılık belirleyici bölgesini yüksek hassasiyetle verimli bir şekilde yakalar. Tahlil için 10 ng kadar az RNA girişi, üretken ve ilgili değişken (V), çeşitlilik (D) ve birleştirme (J) yeniden düzenlemelerinin sıralanmasına izin verir. Bu, tam kandan, taze dondurulmuş dokudan veya FACS ile ayrılmış hücrelerden nadir ve bol miktarda klonların daha iyi tanımlanmasını sağlar. Ion Torrent sıralama teknolojisinin düşük ikame hata oranıyla, TCR yakınsaması doğru bir şekilde değerlendirilebilir. TCR yakınsaması, kanserden kaynaklanan kronik antijen uyarımı nedeniyle ortaya çıkabilir. Araştırmalar, TCR yakınsamasının, immünoterapiler için yeni ortaya çıkan ve invazif olmayan bir biyobelirteç olma potansiyeline sahip olabileceğini göstermiştir. Aynı hedefli sıralama yaklaşımı, B hücresi reseptörü (BCR) immünoglobulin ağır zincirini (IgH) incelemek için Oncomine BCR IGH SR ve Oncomine BCR IGH LR deneylerinde de mevcuttur. Uzun okuma (LR) deneyi, özellikle, somatik hipermutasyonların ölçülmesini sağlar ve klonal evrimi incelemek için izotip değişimini ve bolluğunu değerlendirmek için kullanılabilir.
Daha küçük gen setlerinin analizi için RT-qPCR için Applied Biosystems ™ TaqMan® Gene İfade Testleri , sitokinler, kemokinler, bağışıklık düzenleyiciler, apoptoz belirteçleri ve daha fazlası gibi hedeflerin ayrıntılı analizine izin veren, immüno-onkoloji araştırmalarıyla ilgili 400’den fazla biyobelirteç içerir . TaqMan Tahlilleri, NGS ifade profillerini doğrulamak için yaygın olarak kullanılır. TaqMan Testlerinin bu amaç için yararlılığını göstermek için, 22 genin ( CD2, CD28, CD52, CDKN3, CTLA4, CXCL9, DDX58, FOXP3, GUSB, GZMA, ID2, IFNG, IL6, IL7R, KLRG1, LCN2, MLANA, PMEL, TBP, TFRC, TNF ve TNFRSF14 ) hem Oncomine Immune Response Research Assay hem de Applied Biosystems ™ TaqMan® qPCR testi kullanılarak değerlendirildi. “Oncomine Immune Response Research Assay’in Performansı – bağışıklık tepkisi araştırmaları için oldukça hassas ve sağlam bir araç . “
Hedeflenen gen imza panelleri için, kantitatif gen ekspresyon analizi için Applied Biosystems ™ TaqMan® Array İnsan Bağışıklık Panelini deneyin . Dizi önceden biçimlendirilmiş ve envanteri alınmış, uygun maliyetli ve kullanımı kolaydır. Mikroakışkan teknolojisi, numuneler, çalışmalar ve laboratuvarlarda tutarlı, tekrarlanabilir sonuçlar sağlar.
Bağışıklık hücrelerinin hedeflerini nasıl seçtiğini ve kanserle daha etkili bir şekilde savaşmak için onları nasıl değiştireceğini anlamak için benzer araçlar kullanılabilir. Örneğin, Sanger dizileme, T hücresi reseptörü (TCR) için geni sıralayarak T hücresi repertuar çeşitliliğini değerlendirmek ve 700 bp’ye kadar dizilerin analizi için yararlı bir araçtır. NGS teknikleriyle tanımlanan tümör neoantijenleri, FFPE dokuları gibi zor örneklerde düşük seviyeli somatik mutasyonları tespit edebildiğinden, Sanger sekanslama ile de doğrulanabilir. Kapiler elektroforez ile Sanger dizilimi için SeqStudio genetik analizörünü keşfedin .
Mikrodiziler, tümörler ve sağlıklı doku arasındaki farklılıkları ve mutasyonlar biriktikçe zamanla tümördeki değişiklikleri ortaya çıkarmak için kullanılabilir. NGS’den daha olgun bir teknoloji olan mikrodiziler, RNA ekspresyon biyobelirteçlerinin hızlı ve nispeten ucuz bir şekilde bulunmasına izin verir.
Applied Biosystems ™ Clariom ™ D ve S Pico Testleri , basit, gen düzeyinde analiz (Clariom S Testi) veya kodlama ve kodlamayan RNA ve alternatif ekleme olaylarının derin transkriptom düzeyinde analizi (Clariom D) sunarak binlerce transkriptin araştırılmasını sağlar . Örnek olarak, Fred Hutchinson Kanser Araştırma Merkezi’nden Dr. Kristin G. Anderson, yumurtalık kanserinde T hücre disfonksiyonuna neden olan moleküler mekanizmaları açıklığa kavuşturmak için Clariom D tahlilini ve tek hücreli RNA dizilemesini kullandı ve benimsemenin test edileceği bir fare modeli geliştirdi. T hücre tedavisi. Makaleyi buradan okuyun .
Yeni immüno-onkoloji biyobelirteçlerini keşfetmek ve doğrulamak veya önemli immüno-onkoloji yollarının altında yatan genetik bileşenler hakkında daha fazla bilgi edinmek istiyorsanız, Thermo Fisher Scientific ihtiyaçlarınızı karşılayacak geniş bir genetik analiz çözümleri portföyüne sahiptir. Bilimsel uzmanlığa ve tam hizmet ve destek yeteneklerine sahip endüstri lideri, dünya çapında güvenilir bir ortak olarak, araştırmanız için doğru genetik analiz çözümüne rehberlik edebiliriz.
