Metagenomik analiz ile bir numune içerisinde bulunan mikroorganizmaların çeşitliliğini ve miktarlarını belirlemek mümkündür. Prokaryotik ve ökaryotik organizmlarda bulunan rRNA genleri filogenetik analizi mümkün kılan evrimsel belirteçler görevi üstlenmektedir (16S, 18S, ITS vb.). Yeni nesil dizileme metotlarının gelişmesi metagenomik analizlerinin önünü açmış, fakat sistemlerin kısa okumaya uyumlu olması hatalı sonuçlar üretilmesine sebep olmuştur. Oxford Nanopore uzun okuma teknolojisi ile örneğin 1500- 2000 bç uzunluğundaki belirteç genlerin tümü okunarak, türlerin ayırımına yönelik çözünürlüğü arttırmış ve bu alanda yeni bir sayfa açmıştır.