Magnezyum klorür (MgCl2) formunda eklenen magnezyum iyonları, PCR sırasında polimeraz enzim aktivitesi için gerekli bir kofaktördür. Çok düşük bir konsantrasyon, zayıf amplifikasyona veya tam PCR başarısızlığına neden olurken, çok fazlası spesifik olmayan amplifikasyonu teşvik edebilir. PCR Ana Karışımları tipik kullanım için yeterli MgCl2 içermesine rağmen, örneğin DNA ekstraktlarında bulunan ve Mg2+ iyonlarına bağlanabilen PCR inhibitörlerini telafi ederken, bazı durumlarda daha yüksek bir konsantrasyon gerektirebilir. PCR reaksiyonlarında Mg2+ konsantrasyonunu ayarlamak için MgCl2 solüsyonu kullanılır. FIREPol® ve HOT FIREPol® Ana Karışımlar gibi Ana Karışımlar veya diğer ticari Ana Karışımlar, PCR boncukları ve polimerazlar ile birlikte kullanılabilir. Çoğu uygulamada, tatmin edici bir verim için 1.5 mM MgCl2'lik bir nihai konsantrasyon optimaldir.