Nucleus Genetics olarak genetik materyalde gizli olan şifreyi çözüp tanı, tedavi, gıda/su güvenliği vs. gibi konularda yeni ve güvenilir bir perspektif sunmayı ve toplumumuzda genetik gelişmelerle ilgili farkındalık yaratmayı amaçlamaktayız

Amplikon Tabanlı Metagenomik Dizileme ve Analiz

Metagenomik analiz ile bir numune içerisinde bulunan mikroorganizmaların çeşitliliğini ve miktarlarını belirlemek mümkündür. Prokaryotik ve ökaryotik organizmlarda bulunan rRNA genleri filogenetik analizi mümkün kılan evrimsel belirteçler görevi üstlenmektedir (16S, 18S, ITS vb.). Yeni nesil dizileme metotlarının gelişmesi metagenomik analizlerinin önünü açmış, fakat sistemlerin kısa okumaya uyumlu olması hatalı sonuçlar üretilmesine sebep olmuştur. Oxford Nanopore uzun okuma teknolojisi ile örneğin 1500- 2000 bç uzunluğundaki belirteç genlerin tümü okunarak, türlerin ayırımına yönelik çözünürlüğü arttırmış ve bu alanda yeni bir sayfa açmıştır.
Oxford Nanopore Teknolojisi İle Dizileme
Kütüphane Hazırlığı

Yazılımlar
  • Biyoinformatik hizmeti ya da Oxford Nanopore Teknolojilerinin sağladığı biyoinformatik yazılımları
Gerçek Zamanlı Dizileme ve Analiz
  • MinION
    MinION Mk1C
    Kütüphane GridION X5

Dizileme Kimyası ve Özellikleri

Metagenomi Analizler

Metagenomik analizler çok farklı örnek tipini, veya bir örneğin bileşenlerini detaylı incelemek için oldukça
fazla sayıda olanak sağlamaktadır. Aşağıda hizmet sağladığımız analiz çeşitleri yer almaktadır.

Örnek içerisinde ki tür dağılımlarının kantitatif olarak belirlenmesi ve gösterilmesi

Örnekler arasındaki komünite benzerliklerinin, diğer parametreler ile birlikte temel koordinat analizinin gerçekleştirilmesi

Lineer diskriminant analizi (LDA) ve Lineer diskriminant analizinin etki büyüklüğü (Lefse) analizleri ile örnekler arasında sayıca değişim gösteren taksonların değişime olan katkılarına göre belirlenmesi

Farklı örneklere ait komünite içeriğinin kalitatif ve kantitatif olarak karşılaştırılarak, komünite değişimlerinin belirlenmesi, spesifik grupların değişimlerinin gözlemlenmesi

Örneklerin kendi içerisinde taksonomik çeşitliliğinin ve zenginliğinin nasıl dağıldığı

Taksonomik çeşitliliğin farklı örnekler arasında nasıl dağıldığının gösterilmesi

EnglishTürkçe